Yumurtalıklara yerleşen Endometriozis, yumurtalığın iç kısmında kistlerin oluşmasına sebep olur. Her adet(regl) döneminde yumurtalık içerisindeki endometrium yapısının hormonların etkisi ile kanaması sonucu kistler oluşur ve bu kistler içerisinde uzun süre kalan ve biriken kan zamanla çikolata kıvamında (koyu kahverengi) bir sıvıya dönüşür. Bu sebeple bu kistlere, çikolata kisti (endometrioma) ismi verilmektedir.

Eğer kist tedavi edilmezse ve daha da büyürse, kendi etrafında dönebilir ya da yırtılabilir ve böylece kistin içindeki sıvı karın boşluğuna yayılır. Sıvının karın boşluğuna yayılması hastalığın ilerlemesine ve ani klinik bulgulara sebep olur. Ultrasonografide endometrioma kistleri karakteristik bir görünüm sergiler. Basit işlevsel yumurtalık kistleri bir kaç ayda yok olurken, çikolata kistleri kaybolmazlar ve büyürler. Tedavi sürecinde 3 cm’ den büyük olan çikolata kistleri cerrahi yöntemlerle çıkartılır.