Endometriyozise bağlı oluşan karın içi yapışıklıkların ve çikolata kistinin tedavisi cerrahi yöntemlerle sağlanır.

Ameliyat için ilk olarak laparoskopi tercih edilmekle birlikte özellikle ileri derecede karın içi yapışıklık durumu söz konusu olduğunda karnın açılarak ameliyat edilmesi gerekebilmektedir.

Çikolata kistlerinin tedavisi sürecinde amaç kistin içinin boşaltılması ve sonrasında kist cidarının çıkartılmasıdır. Laparoskopi sırasında kist cidarının tümüyle çıkarılması zor olabilmektedir ve nüks olasılığı artabilmektedir.

Bazı durumlarda kist sağlıklı yumurtalık dokusundan çıkartılamayabilir ve bu sebeple hastalıklı yumurtalığın tümüyle alınması gerekebilir.

Çocuk sahibi olmak istemeyen yani ailesini tamamlamış bir kadında özellikle ağır ve nükslerle seyreden endometriyozis durumlarında rahim ve yumurtalıklar tamamiyle alınabilir.